Ферганский государственный университет существует сравнительно недавно: с 1991 года. Он был основан на базе Педагогического института, и теперь стал многопрофильным учебным учреждением, которое считают центром науки и образования в стране. Готовит профессиональных работников для многих отраслей народного хозяйства и считается одним из крупнейших вузов страны. Ректором стал профессор Ахмедов Маданинбек.
В структуру университета сегодня входят 10 факультетов. Богатые материально-техническая и учебно-методические базы университета способствуют качественному проведению занятий в вузе. Опытный и высококвалифицированный профессорско-преподавательский коллектив обеспечивает образовательную и учебную деятельности в ФерГУ. В данный момент на кафедрах вуза трудятся 35 докторов, 243 кандидатов наук. Сотрудники вуза имеют отличную возможность повышать квалификацию и набираться опыта в США, Франции, Англии, Германии, Японии, Индии, Сингапуре, Турции, Южной Корее, России, Малайзии др. странах. Также в университете подготовкой научных кадров руководят аспирантура и магистратура.
Учебный процесс в достаточной степени оснащён техническими средствами обучения, в том числе и компьютерами. В ФерГУ разработана специальная программа «Компьютеризация и ускорение внедрения в учебно-воспитательный процесс информационных технологий». При университете действует Центр информационных технологий и усовершенствования дистанционного обучения.
С 1996 года при университете регулярно выпускается журнал «ФерГУ. Научный вестник». Сегодня он занимает достойное место среди изданий республики, и был включён в список изданий Высшей Аттестационной Комиссии. Также издаётся газета «Ферганский университет», активно действует типография.
Большое внимание в университете уделяется физическому воспитанию молодого поколения. Сегодня в стенах вуза действуют 16 спортивных секций, которые регулярно посещают более 1500 юношей и девушек.
За годы существования данного высшего учебного заведения были установлены тесные контакты университета с учёными Ташкента, Самарканда, Андижана, Намангана и зарубежными деятелями науки. Это в значительной мере способствовало развитию в ФерГУ научно-исследовательской деятельности и плодотворному сотрудничеству с институтами АН РУз, УзНУ, СамГУ, ТГАУ, ТГЭУ, а также с вузами Франции, Индии, России, Кыргызстана и других стран.