Ферганский государственный университет существует сравнительно недавно: с 1991 года. Он был основан на базе Педагогического института, и теперь стал многопрофильным учебным учреждением, которое считают центром науки и образования в стране. Готовит профессиональных работников для многих отраслей народного хозяйства и считается одним из крупнейших вузов страны. Ректором стал профессор Ахмедов Маданинбек.
Ферганский политехнический институт был основан в 1967 году. Предвестником его можно считать технический факультет, который был образован при Ташкентском политехническом институте. Создано было новое учебное заведение в Ферганской долине. Теперь оно готовит инженеров для всей страны. Также это единственный технический вуз в Фергане и её окрестностях.